La chiesa di San Francesco sorge su un più antico edificio sacro costruito nel 1268 e dedicato alla Madonna. Nella prima metà del XIV secolo la chiesa viene ampliata. Nel corso del XVI secolo fu restaurata e nel 1777 venne rifatto il pavimento in cotto. La tipologia architettonica è molto semplice, secondo lo stile degli ordini mendicanti: unica navata con copertura in capriate di legno, con l’abside centrale pentagonale fiancheggiata da due cappelle a pianta rettangolare. La chiesa di Trevi ripete lo schema della Chiesa di san francesco di Montefalco del quarto decennio del secolo XIV. L’abside presenta affreschi della prima metà del XIV secolo sulle pareti, raffiguranti le storie della Vita della Madonna. Al centro dell’abside è collocata una croce da iconostasi del primo Trecento. Le pareti conservano larghe tracce di affreschi e altari inseriti in seguito alla riforma cattolica. Da segnalare: la tela con la Madonna e il bambino e le anime del Purgatorio di Ascensidonio Spacca, detto il Fantino, e l’organo monumentale, considerato “rarissimo esemplare superstite di quel tipo che nel Rinascimento veniva definito organo da muro”. Fu costruito dal mastro Paolo Pietro di Paolo di Montefalco nel 1509 e suonò per la prima volta nel Natale di quell’anno. Il restauro dello strumento, a cura della Ditta Pinchi di Foligno, fu iniziato negli anni Novanta dello scorso secolo, valorizzando ed utilizzando materiali originali cinquecenteschi e restituendo allo strumento l’originaria concezione, recuperando l’antico nucleo di canne del 1509. Inaugurato nel 2005, è tra i più antichi rimasti in Europa risalenti al Cinquecento; ora accoglie concerti di altissimo livello.